A Caixa de Medaka

Kurokami Medaka, uma aluna do primeiro ano, é eleita presidente do Conselho Estudantil e, logo de cara, cria uma caixa de sugestões, apelidada pelos alunos de "Caixa de Medaka". Medaka incentiva todos a relatarem seus problemas sem receio, prometendo resolvê-los. Como ela foi eleita com 98% dos votos, acaba sendo a única conselheira. Então, pede ajuda ao seu amigo de infância, Hitoyoshi Zenkichi, para se tornar um novo membro do Conselho. Logo, Medaka recruta mais duas pessoas: Akune Kouki, ex-membro do clube de judô, como secretário, e Kikaijima Mogana, atual membro do clube de natação, como tesoureira, recebendo um empréstimo de ¥ 300 por dia. Os membros do Conselho passam seus dias solucionando os problemas da Caixa de Medaka, que vão desde conflitos em clubes, pedidos de ajuda para escrever cartas de amor até a busca por animais de estimação perdidos, ganhando respeito e admiração de toda a escola.